Darželio–mokyklos „Vilija“ veiklos pradžia 1984 m. vasario 1 d.
Darželis-mokykla „Vilija” įsteigtas lopšelio-darželio Nr.115 bazėje.
1988 m. – lopšelyje-darželyje įsteigta pirma lenkų ikimokyklinio ugdymo grupė.
1999 m. balandžio 28 d. Vilniaus miesto tarybos sprendimu Nr.367 lopšeliui-darželiui suteiktas „Vilijos” vardas.
2001 m. – įstaiga tapo viena iš pirmųjų Vilniuje lenkų kalbos darželių–mokyklą bei įstaigoje pradėjo veikti pradinių klasių mokyklą.
2016 m. – prijungtas lopšelis-darželis “Aušrinė”.
Darželio pedagogų komanda yra kvalifikuota, kompetentinga, gebanti keistis, nuolat besimokanti, energinga, aktyviai ieškanti naujovių ir jas įgyvendinanti.