Vilniaus darželyje-mokykloje ,,Vilija” ugdymo procesas organizuojamas vadovaujantis įstaigos specialistų parengta ikimokyklinio ugdymo programa (nuo 2025 m. rugsėjo 1 d.), kuri parengta ir atnaujinta pagal patvirtintas Ikimokyklinio ugdymo programos gaires naujausios ikimokyklinio ugdymo gairės. Tai gairės, mokytojoms, tėvams, švietimo pagalbos specialistams geriau suprasti, ko per pirmuosius šešerius metus gali pasiekti vaikas.